S.H.I.E.L.D. ist ein US-amerikanischer Geheimdienst. Gegründet im Jahr 1950 von Howard Stark, der britischen Agentin Margaret "Peggy" Carter und dem US-Colonel Chester Philips, handelte es sich dabei ursprünglich um eine internationale Anti-Terrorismus- und Aufklärungsbehörde. Allerdings wurde sie bereits bei der Gründung von S.H.I.E.L.D von Hydra unterwandert. 1946 führte Peggy Carter einen Einsatz gegen den HYDRA-Offizier Werner Reinhardt. Zusammen mit den Howling Commandos nahm sie Reinhardt und seine Männer fest. Dabei wurde der Obelisk, ein Artefakt der Kree sichergestellt. Nach dem 2. Weltkrieg rekrutierte S.H.I.E.L.D. im Zuge der Operation Paperclip deutsche Wissenschaftler. Unter ihnen war auch der Schweizer Wissenschaftler Dr. Arnim Zola, der seine Rekrutierung dazu nutzte, HYDRA als eine Geheimorganistation innerhalb von S.H.I.E.L.D. wieder auferstehen zu lassen.

Im Jahr 2014 wurde S.H.I.E.L.D. von diesen Doppelagenten zerstört, die die Kontrolle über eine Reihe von wichtigen Stützpunkten und Projekten übernahmen. Nachdem die verbleibenden loyalen Agenten tot oder untergetaucht waren, kontaktierte der vermeintlich tote Nick Fury Phillip Coulson und gab ihm den Auftrag, S.H.I.E.L.D wieder aufzubauen. Dadurch wurde Phillip Coulson zum neuen Direktor von S.H.I.E.L.D. ernannt. Zu diesem Zeitpunkt war die Organisation klein und musste sich andauernd vor der Regierung verstecken, die S.H.I.E.L.D. nach der HYDRA-Unterwanderung als terroristische Organistation einstufte. Coulson verfügte über unbekannte Spender, die Geld zur Verfügung stellten.

Präsident Ellis erkannte den Nutzen von S.H.I.E.L.D. nach der Ermordung von Rosalind Price 2016 an. Nach außen hin agierte nun die ATCU der amerikanischen Regierung als Tarnung für das weiterhin offiziell als illegale terroristische Organisation geltende S.H.I.E.L.D. Mittlerweile wurde S.H.I.E.L.D. "neugegründet" und ist ein offizieller Geheimdienst der amerikanischen Regierung. Als solcher unterliegt er dem Sokovia-Abkommen und arbeitet an der Registrierung von Talenten ebenso mit wie daran, Gegner des Abkommens auszumachen und zu verfolgen.

Die Mitarbeiter von S.H.I.E.L.D. haben seit dem 01. Oktober 2018 die Erlaubnis, scharfe Munition gegenüber nicht-registrierten Mutanten zu verwenden. Vor dem 01. Oktrober 2018 waren es dem Agents nur erlaubt gewesen, nicht tödliche Munition gegenüber Andersartige zu verwenden. Nun dürfen nicht registrierte Andersartige legal getötet werden, wenn sich diese gegen das Abkommen und der Festnahme wehren oder anderwärtig gefährlich werden.