HYDRA ist eine Geheimorganisation mit dem Ziel der Weltherrschaft. Sie wurde kurz nach der Machtergreifung der Nationalsozialisten in Deutschland von Johann Schmidt gegründet und fungierte als Wissenschaftsabteilung der SS. HYDRA vertrat jedoch nie wirklich die nationalsozialistische Ideologie, sondern nutzte das Dritte Reich als Ressourcenquelle für eigene wissenschaftliche Forschungsprojekte. In der Anfangsphase des Zweiten Weltkrieges kämpfte HYDRA noch für die Ziele der Nazis, bis Schmidt 1943 die Organisation für unabhängig erklärte, um offen nach der Weltherrschaft zu streben.

Der Name der Organisation leitet sich von der griechischen Mythologie ab, aber nicht nur der Name, sondern auch das Wappen und das Motto. Sobald man der mythologischen Hydra einen Kopf abschlug, wuchsen zwei neue nach. Das Motto von HYDRA lautet entsprechend: "Wenn du einen Kopf abschneidest, werden zwei neue nachwachsen." HYDRA hat einen Gruß entwickelt, der sich vom normalen Hitlergruß unterscheidet. Sie strecken dafür beide Arme mit geballten Fäusten in die Luft und rufen "Heil HYDRA!".

Nach HYDRAs Niederlage 1945, die durch Captain America herbeigeführt wurde, und dem darauffolgenden Verschwinden von Johann Schmidt wurde die Vereinigung heimlich im Inneren von S.H.I.E.L.D. wiederaufgebaut. Diese Aufgabe übernahm Arnim Zola, ein herausragender Wissenschaftler. Obwohl sein Körper 1972 starb, lebte sein Verstand in einem Computersystem weiter. In den folgenden Jahrzehnten sorgte HYDRA im Verbogenen für Krisen auf der ganzen Welt, um dadurch die Menschheit für ihre neue Weltordnung zu gewinnen, die ihnen Sicherheit bringen würde. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts breiteten sich die Agenten von HYDRA außerhalb von S.H.I.E.L.D. aus, infiltrierten wichtige Organisationen, einschließlich des US-Senats, und errichteten viele geheime Stützpunkte auf der ganzen Welt. Im Jahr 2014 schafften sie es beinah, ihr Ziel durch ihren Agenten Alexander Pierce und das S.H.I.E.L.D. Projekt Insight zu erreichen. Doch der Plan zur Eliminierung von 20 Millionen Menschen, die eine Bedrohung für HYDRA darstellten, scheiterte an ihrem alten Feind Captain America, der ihre Machenschaften bei S.H.I.E.L.D. aufdeckte und ihr wichtigstes Machtwerkzeug vernichtete.

Als die Existenz von HYDRA öffentlich bekannt wurde, begann ein offener Kampf gegen die Reste von S.H.I.E.L.D., die im Untergrund weiterarbeiteten. Noch immer gibt es verdeckt diese beide Organisationen.

Während andere Gruppierungen die Andersartigen ausstoßen und ausbremsen wollen, will Hydra die Gunst der Stunde nutzen und rekrutiert im Untergrund Andersartige mit mächtigen Fähigkeiten. Hydra möchte die Andersartigen dafür benutzen, um sich ein eigenes Heldenteam aufzubauen, die in Namen Hydra agieren und deren Ziele verfolgt. Im Gegenzug verspricht Hydra den Andersartigen Schutz, Sicherheit und Freiheit. Das diese Versprechungen meistens Lügen sind, hält Hydra zurück und nutzt die Verzweiflung der Andersartigen aus.