Als Mutanten gelten nur Menschen, deren Kräfte angeboren sind und nicht durch einen Unfall oder ein Serum erhalten wurden. Mutanten sind Lebewesen, die meistens aussehen wie jeder normale Mensch auch, jedoch außergewöhnliche Kräfte besitzen, die durch das sogenannte X-Gen verursacht werden. Dadurch werden sie oft auch als die nächste Stufe der menschlichen Evolution bezeichnet. Auch kann es vorkommen, dass ein Mutant über die Zeit weitere Mutationen entwickelt. Das X-Gen der Mutanten wird während der Pubertät meist in Folge eines traumatischen Ereignisses aktiviert. Zu dieser Zeit fangen sie an, sich zu verändern und ihre außergewöhnlichen Fähigkeiten treten zum ersten Mal auf. Es gibt etliche verschiedene Mutanten, wie Telepathen, Teleporter, Energiemanipulier, Formwandler und auch Hybriden, wobei besonders die letzteren auch äußerliche Veränderungen durchmachen können.

Im Laufe der Zeit entstand ein Stufensystem, das den X-Men zusammen mit Agenturen wie S.H.I.E.L.D. einfach dabei helfen sollte, den Überblick darüber zu behalten, wer welche grundlegenden Merkmale und Leistungsstufen hatte.

Steigerungen der Stufen sind möglich aber extrem selten und muss mit dem Team abgesprochen werden. Eine Steigerung ist mit sehr viel Kraftaufwand verbunden und von dem Mutanten wird sehr viel abverlangt. Es ist aber niemals sicher, dass es eine Steigerung der Stufen funktioniert. Außerdem hat das Stufensystem nichts damit zu tun, wie lange der Mutant seine Fähigkeiten besitzt, sondern in wieweit er sie sein Leben lang einsetzen kann. Zum Beispiel: Wenn das X-Gen ausbricht, kann der Mutant bereits ins System der Stufe 3 eingeteilt werden, was bedeutet, dass er bis Stufe 3 seine Kräfte entwickeln und kontrollieren kann.

Stufe 1 = unkontrollierbare Mutantenkräfte, nur in Extremsituationen oder als Reflexe auftretend.
Ihre Kräfte werden bei starken Emotionen aktiv, wirken dann aber unkontrolliert und richten meistens viel Schaden an. Entsprechend heißt es nicht, dass ein Mutant der 1. Stufe schwach ist.
Beispiel: Senator Kelly

Stufe 2 = rudimentäre Mutantenkräfte, nur mit sehr großer Anstrengung bewusst auszulösen.
Der Mutant kann hier verhindern, dass seine Kräfte unkontrolliert wirken, beherrscht sie jedoch nicht meisterhaft. So kann er sie zwar bewusst einsetzen, deren Wirkung oder Ausmaß aber schlecht einschätzen.
Beispiel: Blob

Stufe 3 = gute Kontrolle der Mutantenkräfte, extreme Auswirkungen auf sich, können kurzfristige Auswirkung auf die Umwelt haben.
Der Mutant kann seine Kräfte gezielt einsetzen und deren Intensität und Ausmaß bestimmen. Sie haben eine kurzfristige Auswirkung auf die Umwelt, z.b wenn die Temperatur für eine kurze Zeit verändert wird oder ein Material eines Gegenstandes durch die Kräfte verändert wird.
Beispiel: Mystique, Havok, Psylocke

Stufe 4 = sehr gute Kontrolle der Mutantenkräfte und können eine zeitlich beschränkte Auswirkung auf die Umwelt haben.
Diese Mutanten sind sehr mächtig und können ihre Kräfte völlig kontrolliert einsetzen. Sie haben das Maximum ihres Kräfteausmaßes erreicht und sind außerordentlich geübt im Umgang mit ihren Fähigkeiten. Diese wirken sich sogar kurzfristig auf Ihre Umwelt aus. Mutanten in dieser Stufe sind selten, aber nicht so selten, wie Mutanten in Stufe 5.
Beispiel: Professor X, Emma Frost, Dazzler

Stufe 5 = extrem mächtige Mutantenkräfte, die eine bleibende Auswirkung auf die Umwelt haben.
Dieses Level ist so hoch, dass es meist für den Mutanten selbst gefährlich werden kann. Ein Mutant der 5. Stufe nutzt fast bei jedem Kräfteeinsatz sein volles Potential und muss aufpassen, dass er nicht von seinen Kräften kontrolliert wird. Die Folgen dieser Kräfte haben einen dauerhaften Einfluss auf die Umwelt, was einen solchen Mutanten nahezu götterähnlich macht. Er kann nur von sich selbst, einem anderen Omega Mutanten oder einer sehr großen Anzahl von schwächeren Mutanten vernichtet werden. Oft hat sich der Mutant dann selbst nicht mehr unter Kontrolle und die Fähigkeiten übernehmen die Kontrolle über seinen Körper.
Beispiel: Dark Phoenix, Iceman, Storm

Stufe 6 = in einer Symbiose mit den Kräften und eine fortdauernde Auswirkung auf die Umwelt, mit der Möglichkeit sie nachhaltig zu verändern.
Beyond Omega Level Mutanten können es von der Macht her mit Celestials und Göttern aufnehmen. Sie kontrollieren ihre Kräfte, können ihre eigene, natürliche Ordnung herstellen und tragen keinen Schaden davon. Beyond Omega Level Mutanten können nur von einer sehr großen Anzahl von Omega Mutanten ansatzweise besiegt werden.
Beispiel: Powerhouse